Die Grasgrundel kommt in Küstengewässern und im Brackwasser von Flussmündungen und Lagunen vor. Sie lebt in geringen Wassertiefen auf schlammigen Böden und Seegraswiesen, deren Vorkommen unverzichtbar für den Lebensraum der Grasgrundel sind. Sie verträgt tiefe Wassertemperaturen, übermäßig salzarmes Wasser allerdings nicht. Diese Fischart lebt revierbezogen in Höhlen, die sie zwischen den Seegraswurzeln im Schlamm gräbt. Im Laufe des Jahres nehmen diese Verstecke unterschiedliche Formen und Funktionen an. Die Wohnhöhle ist nur mit einem Zugang ausgestattet und ihre Tiefe scheint sich umgekehrt proportional zu der Wassertemperatur zu verhalten. Jede Höhle wird nur von einem Exemplar bewohnt. In den Sommermonaten nach der Laichzeit schwimmen die erwachsenen Fische in tiefere Gewässer. Dort graben sie Höhlen, in denen sie überwintern. Diese unterscheiden sich von den Nestern, in denen sie laichen. Diese Höhlen können aus einem kurzen Gang mit anschließender Rundkammer oder einem horizontal gegrabenen Tunnel mit zwei Zugängen bestehen. Die Höhleninnenwände sind kompakt und mit einem Schleimsekret verkleidet. An manchen Orten werden diese Höhlen von den lokalen Fischern befischt. Dabei werden mit Krabbenfleisch beköderte Garnreusen oder Fischreusen verwendet. Ein beliebter Köder ist die Gemeinde Strandkrabbe (Carcinus mediterraneus) nach Panzerwechsel. Heute wird die spezifisch auf die Grasgrundel im Winter abgestimmte Fischfangmethode, das „Armfischen“, nur noch selten angewendet. Dabei gehen die Fischer bei Ebbe lange Strecken in der Lagune ab, greifen mit dem Arm in die Höhle und packen die Grasgrundel.